Rokuju Miharu mène une vie de lycéen banal jusqu’au jour où il se fait attaquer par un groupe de ninjas qui en a après un hijutsu, une technique cachée renfermée dans son corps. Cet hijutsu est le pouvoir de création, convoité par tout ninja ayant l’ambition d’imposer sa volonté sur tous ces combattants de l’ombre.

Par la force des choses, Miharu rejoint le club de ninjustu fondé par l’un de ses camarades nommé Kouichi Aizawa et son professeur d’anglais, Mr. Kumohira, deux ninjas qui ont pour mission de le protéger. Un long combat attend notre jeune héros Miharu avant qu’il ne soit en pleine possession de ses pouvoirs afin de devenir le maitre du Nabari.